Жодзішкі вядомы з 1511 года як мястэчка, заснаванае М. Мішковічам, у складзе Віленскага ваяводства Вялікага княства Літоўскага.
У 1511 годзе атрымалі ад вялікага князя літоўскага Жыгімонта 1 Старога прывілей на таргі, кірмашы і корчмы.
Помнік архітыктуры рэнесансу – кальвінскі збор быў пабудаваны у 1612 годзе.
Цяпер гэта касцёл Святой Троіцы.
На паўднёвай ускраіне вёскі, на правым беразе р. Вілія, размешчаны помнік архітэктуры барока і сядзібна-паркавага мастацтва – сядзіба Іезуіцкага калегіума, заснаванага ў 17 ст. езуітамі. Тут выкладалі паэтыку, рыторыку, сінтаксіс, а ў 1756 г і ў 1772 г. – філасофію, музыку, французскую і нямецкую мову, матэматыку.
Цяпер у будынку Іезуіцкага калегіума знаходзіцца Абласная псіхіятрычная бальніца "Жодзішкі"
У 1774 г. кароль Рэчы Паспалітай Станіслаў Аўгуст Панятоўскі выдаў Жодзішкам прывілей на магдэбурскае права.
У 1-й трэці 18 ст. у мястэчку існаваў школьны тэатр.У 1886 г. былі вядомы пад дзвюма назвамі – Жодзішкі і Шодзішкі.
Сярод іншых гістарычных каштоўнасцей можна адзначыць бровар канца 18 стагоддзя і вадзяны млын 19 стагоддзя, які быў канструяваны і ў цяперашні час працуе.
У 2005 годзе ў вёсцы быў праведзены капітальны рамонт школы, бібліятэкі, дома культуры, магазінаў, адрамантаваны дарогі і тратуары. Пасля заканчэння рамонту - у канцы 2005 года в. Жодзішкі набыла статус аграгарадка.